Bibliographie


Framabook est une collection de livres libres sur le logiciel libre, ils ont édité récemment le volume 5  « Tout ce que vous avez toujours voulu savoir sur LaTeX sans jamais oser le demander » rédigé par Vincent Lozano.

Le livre est assez complet et on trouvera tout ce qu’il faut sur LaTeX pour être à l’aise avec ce traitement de texte. le Livre peut être téléchargé au format pdf ou bien commandé aux éditions In Libro Veritas pour 15 euros.

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Lancé le 23 Mai 2008, ResearchGate correspond en quelque sorte à un Facebook pour chercheurs et scientifiques. Ce réseau social permet de facilement mettre en relation des personnes partageant le même intérêt pour un thème de recherche. Il est possible de créer un profil en renseignant ses activités de recherche, ses intérêts scientifiques, les projets scientifiques sur lesquels on travaille, etc. Le chercheur peut rejoindre des espaces de discussion associés à des thématiques précises et même discuter en VoIP directement à partir du site (pas pour l’instant mais c’est prévu).

Ce service semble prometteur et va plus loin que CiteULike, Connotea, 2collab, etc. qui sont plutôt tournés vers le partage de références bibliographiques. Je ne sais pas si le partage de références est prévu pour ResearchGate mais l’idéal serait de l’intégrer avec une gestion des doublons de référence. Ça permettrait de rendre unique chaque référence et visibles tous les utilisateurs intéressés par une référence.

Bref, ce service n’en est qu’à ses débuts mais apparait très prometteur, à surveiller!!

Liens:

aigaion

Aigaion est, au même titre que Basilic, un système de gestion de bibliographie accessible à partir d’un navigateur Web. Ce genre d’outil est adapté pour proposer la bibliographie d’un laboratoire ou d’une équipe de recherche.

Il nécessite un serveur dédié disposant d’Apache/IIS, PHP et MySQL. Pour évaluer l’outil en local, on pourra s’orienter vers un Wamp comme Wampserver ou Easyphp par exemple.

Avant de choisir de mettre en place un tel outil. Il est nécessaire de l’évaluer pour voir s’il répond exactement à votre besoin et de tester sa mise en place sur votre serveur de production. J’ai préparé une documentation pour l’installation et la configuration de l’administration du contenu. Elle est disponible à cette adresse.

vision

Ce billet traite de flux RSS intéressants pour aider à maintenir un état de l’art à jour sur la vision par ordinateur. Utilisé seul, c’est biensur insuffisant mais ça aide quand même pas mal.

Pour la lecture des flux d’informations, Google Reader se révèle trés pratique. Il mélange efficacement les flux d’information ce qui permet de lire rapidement les nouvelles (bien plus vite qu’on pourrait le faire par le biais de newsletters). Il permet également une lecture des flux en mode offline (non connecté) grâce à Google Gear.

Voici la liste non exhaustive des flux RSS de revues proposant des articles en rapport avec la vision par ordinateur :

Je termine avec un excellent livre:

Vision par ordinateur: outils fondamentaux, De Radu Horaud, Olivier Monga, 1995, ISBN:2866014812

Les chapitres du livres sont en téléchargement ici.

pack-latex.png

LaTeX représente une bonne solution pour rédiger la thèse. En ce qui concerne le style du document, vous pouvez adopter la classe « rapport / report » ou bien les styles de thèses disponibles ici. Utilisez une version récente de Miktex, la 2.7 par exemple. Pour ajouter des packages, le plus simple est de passer par le « package manager » de Miktex.

Le package « inputenc »

Ce package permet l’utilisation directe des caractères « accents » sans passer par les commandes du style ‘e pour « é » par exemple. Généralement, « inputenc » est associé à une option d’encodage des caractères: on trouvera par exemple usepackage[latin1]{inputenc} pour un type d’encodage latin1.

Le package « babel »

Le package babel permet de définir la langue (ou les langues) du document. Tous les mots / expressions générées automatiquement tels que « table des matières » et « index » sont adaptés à la langue spécifiée. On pourra adopter une ligne de commande de la forme : usepackage[francais]{babel}.

Le package « graphicx »

Ce package vous permet d’utiliser la commande includegraphics qui offre pas mal de possibilités de réglages au niveau de l’échelle des images, de la taille, de l’orientation, etc. Des infos à son sujet sont dispos ici.

Les packages « amsfonts » et « amsmath »

Le package amsfonts permet d’étendre les nombres de caractères compatibles avec la police par défaut de LaTeX (Computer Modern), notamment les caractères mathématiques, les lettres en gras, etc.

Le package amsmath facilite l’écriture des formules mathématiques et améliore la qualité typographique du rendu.

Le package « esptopdf »

Si vous souhaitez générer des documents pdf contenant des images vectorielles eps, le package epstopdf est fait pour vous. Lorsque vous allez compiler, les images eps seront transformées à la volée en image pdf, vous conserverait ainsi la qualité vectorielle de vos images d’origine. Son installation peut se faire à partir du package manager. Il faut rajouter « -shell-escape » dans les options de ligne de commande (pdflatex -shell-escape).

Le package « subfigure »

Le package subfigure permet de disposer des (sous) figures côte à côte. Ces figures sont placées au sein d’une figure principale que l’on pourra appeler par une simple référence. Les sous figures reçoivent généralement une numérotation alphabétique de la forme (a), (b), (c), etc. Les sous figures peuvent également être appelées par références.

Le package « natbib »

Le package natbib offre beaucoup de possibilités en matière de citations. Le « pense-bête pour natbib » disponible à cette adresse résume bien l’efficacité de ce package.

Le package « authorindex »

Le package authorindex permet de générer un index des auteurs cités. Attention, ce package n’est pas compatible avec natbib et nécessite d’adopter une règle strict pour le nom de auteurs.

Les packages « multirow » et « multicol »

Ces packages pemettent la créer des cellules de tableau fusionnées horizontalement et verticalement.

Le package « algorithm2e »

Il s’agit sans doute du meilleur package pour réaliser une mise en forme de type « algorithme ». Ce package et la documentation sont disponibles à cette adresse. Les possibilités sont nombreuses, comme le fait de présenter un algorithme de façon classique ou compacte.

Les packages « pgf » et « pstricks »

Ces packages pour le graphisme s’adressent aux plus courageux car la prise en main n’est pas évidente. Le package pgf offrent à peu prés les mêmes possibilités que le package pstricks. pgf pourra être utilisé en mode de compilation « pdf » tandis que pstricks est dédié au mode de compilation « ps ». Si vous travaillez sur des graphes, des figures géométriques, des schémas ou des diagrammes et que les logiciels de dessin OpenOffice Draw, Dia, Inkscape ou Adobe Illustrator n’arrive plus à répondre à vos attentes, vous pouvez vous orienter vers pgf ou pstricks.

etatart3.png

Acquérir l’état des connaissances sur un sujet précis demande de la méthode et des outils pour faciliter l’accès à l’information. Dans le cadre d’une thèse, ce travail d’étude de l’état des connaissances permettra au doctorant / chercheur de devenir spécialiste du domaine étudié, de reconnaitre les équipes / personnes produisant des travaux majeurs, d’ajuster ses idées / sa recherche par rapport aux travaux récents pour réaliser un travail original.

Pour acquérir cet état des connaissances, il y a un chemin assez long à parcourir et il est prudent de s’intéresser dés le départ à la façon de s’organiser et aux outils pour faciliter cette recherche.

S’organiser

  1. Commencez par mettre en place un outil de gestion de bibliographie pour stocker les références des articles / thèses que vous allez lire.
  2. Ajouter un maximum d’information pour chaque référence (mots clés, résumé), cela vous permettra d’effectuer facilement des recherches dans votre base de données bibliographique.
  3. Certains gestionnaires de bibliographie offrent une compatibilité avec bibtex, vous pourrez ainsi facilement ajouter vos citations dans LaTeX. Faites en sorte que vos entrées bibliographiques respectent un certain formalisme (voir billet sur JabRef). Pour ceux qui préfèrent Word, il y a EndNote ou bien d’autres gestionnaires abordés dans ce billet.

Rechercher l’information

  1. Lisez plusieurs thèses relativement proches du domaine à étudier. Prenez soin de noter les références importantes: vous pouvez les ajouter dans votre gestionnaire de biblio et les « marquer » pour les récupérer et les lire plus tard.
  2. Faites des recherches d’articles à partir de portails spécialisés: Google scholar, ScienceDirect, PubMed, ACM Portal, Google (pas trop spécialisé mais toujours efficace), CiteULike, CiteSeer, etc.
  3. Pour compléter votre culture du domaine de recherche, intéressez vous aux chercheurs dont les travaux ont beaucoup d’influences ainsi qu’aux conférences ou revues qui proposent des articles dans votre domaine. Votre gestionnaire de bibliographie vous aidera à rendre ces informations plus évidentes.

Se tenir informé

  1. De nombreux articles paraissent chaque jour. Vous pouvez utiliser les alertes par email de google ou bien de certains portails comme ScienceDirect pour être informé de la parution d’un article proche de votre domaine de recherche.
  2. Il y a maintenant beaucoup mieux que les alertes par mail ou bien les newsletter: les flux RSS. Combiné à l’excellent agréateur de flux Google Reader, il me semble difficile de faire mieux à l’heure actuelle: la plupart des revues proposent des flux RSS, ainsi, dés la parution d’un nouveau numéro ou bien d’articles en préprint, le flux est actualisé. Votre agréateur de flux reçoit, mélange et organise visuellement ces flux: pour résumé, vous avez accès d’un seul coup à la liste de tous les articles et call for paper parus récemment et auxquels vous êtes abonnés. Plus besoin d’aller fouiller dans les newsletters auxquelles vous êtes abonnés.

Partager

Les marque-pages sociaux (social bookmarking) deviennent de plus en plus populaires (del.icio.us, Digg). Les internautes partagent et organisent les liens et les informations qu’ils trouvent intéressants. CiteULike est basé sur ce principe et se destine principalement aux chercheurs. Voici une liste des fonctionnalités proposées:

  • La bibliographie: CiteULike vous permet de constituer une bibliographie, de partager des articles avec d’autres utilisateurs et d’associer des articles à des groupes.
  • Les groupes sont créés par les utilisateurs et correspondent généralement à des noms d’équipe ou bien à des thématiques de recherche.
  • Partager des articles permet de repérer des personnes proches de votre thématique de recherche. Vous pouvez alors entrer en contact avec elles et vous abonner à leur bibliographie à l’aide de flux RSS.
  • Vous pouvez également proposer une discussion sur un article particulier.

Un index des auteurs cités dans un document long (thèse, rapport, etc.) permet de savoir facilement si un auteur a été cité et montre les influences de l’auteur principal. Mettre en place un index des auteurs cités avec LaTeX impose cependant des outils supplémentaires comme authorindex et Perl ainsi qu’une certaine organisation. Voici quelques conseils:

  • Gérer sa bibliographie avec un gestionnaire de références bibliographiques (comme Jabref par exemple).
  • Dans le fichier .bibtex, un même auteur devra avoir la même orthographe dans les différentes entrées pour éviter les doublons dans l’index.
  • Dans le champ « Author » de .bibtex, les accents doivent être gérer à partir des commandes d’accent ({\’e} pour é, {\^è} pour è, etc.). Une liste des commandes est disponible dans la FAQ LaTeX.
  • Perl est nécessaire pour gérer le fichier .ain contenant l’index. Perl pourra être téléchargé gratuitement à partir du site officiel.
  • Ajouter le package authorindex à votre document ainsi que la commande \printauthorindex à l’endroit où vous souhaitez faire apparaître l’index des auteurs.

La création du document PDF avec l’index des auteurs cités se réalise en plusieurs temps:

  • Compiler autant de fois que nécessaire pour générer la bibliographie.
  • Exécuter le script authorindex.pl. Un fichier d’extension .ain est crée à partir du fichier .aux.
  • Des espaces gênant entre les auteurs dans l’index peuvent apparaître lors de la compilation finale. Pour supprimer les espaces, éditer le fichier .ain et supprimez toutes les commandes \indexspace.
  • Compiler une nouvelle fois pour avoir votre index des auteurs cités à jour (et sans espace).

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